Le Code de l'urbanisme permet au juge de prononcer l'annulation partielle d'un permis de construire. L'article L 600-5 prévoit que le juge qui estime que le vice n'affectant qu'une partie du projet peut être régularisé par un permis modificatif, peut limiter à cette partie la portée de l'annulation qu'il prononce et fixer le délai dans lequel le titulaire du permis pourra en demander la régularisation. (Cette dernière précision résulte l’ordonnance du 18 juillet 2013.)
L'article recouvre deux séries d'hypothèses (CE 4 oct. 2013). Lorsque les éléments d'un projet ayant une vocation fonctionnelle autonome auraient pu faire l'objet d'autorisations distinctes, le juge peut prononcer l'annulation partielle en raison de la divisibilité des éléments qui composent ce projet. Ainsi, il est possible d'annuler le permis portant sur la construction d'une éolienne en confirmant la validité du permis pour deux autres (CAA Nancy, 2 juillet 2009) ou la partie sud-est d'une construction comportant une cave et un garage (CAA Lyon, 10 avril 2012).
Mais il se peut aussi que l'illégalité affecte une partie identifiable du projet sans que la partie illégale soit divisible du reste du projet. Pour pouvoir faire l'objet d'un permis modificatif, il faut que la régularisation implique des modifications limitées et ne remette pas en cause la conception générale ou l'implantation des constructions. Un récent arrêt (CE 11 juillet 2014, n° 358164) rappelle les règles énoncées par l'arrêt de 2013 et en fournit un exemple. Un permis de construire, suivi d'un permis modificatif, autorisait de modifier des bâtiments existants et d'édifier de nouveaux bâtiments. En première instance, le juge avait annulé le permis qui méconnaissait l’article du PLU relatif au gabarit-enveloppe des constructions en vis-à-vis sur un même terrain. Mais il avait refusé de prononcer l'annulation partielle car « l'illégalité dont est entaché le projet résulte d'options architecturales et d'aménagement concernant deux des bâtiments constituant le projet ».
Le Conseil d'Etat censure la décision : « la circonstance que l'illégalité n'affecte pas l'un seulement des bâtiments autorisés par le même permis de construire ne fait pas par elle-même obstacle à une annulation partielle de ce permis lorsque cette illégalité affecte une partie identifiable du projet ». L'illégalité peut donc porter sur plusieurs bâtiments.
Dans d'autres cas, l'annulation partielle est impossible. Par exemple si le PC modificatif ne permet pas d'assurer le respect du PLU (CAA Nantes, 13 juillet 2012).
