La CPU – conférence des présidents d’université – a adopté le 24 octobre une motion dénonçant une situation financière « bientôt intenable ». Les universités sont certes autonomes depuis la loi Pécresse de 2007, mais elles n’ont d’autres ressources que les dotations de l’Etat, qui augmentent moins vite que leurs charges. Elles sont donc obligées de puiser dans leur trésorerie : selon un récent rapport de la Mires (Mission interministérielle recherche et enseignement supérieur), le nombre d’établissements universitaires dont le fonds de roulement est inférieur à 30 jours d’activité est passé de 9 en 2010 à 20 en 2012, et pourrait atteindre 38 en 2013. Par ailleurs, des mesures drastiques s’avèrent nécessaires pour éviter ou réduire les déficits : étalement de la maintenance des ascenseurs, mutualisation voire suppression de formations, cours magistraux payés comme des TD (travaux dirigés), etc. De plus, l’Etat a exonéré les étudiants boursiers de frais d’inscription (alors qu’ils représentent 62 %% des effectifs à Béziers), sans prévoir la moindre compensation pour les universités.
Geneviève Fioraso, ministre de l’enseignement supérieur et de la recherche, reconnaît l'aggravation de la situation financière de certaines universités. Elle en explique ainsi la raison : « une fois la LRU (loi relative aux libertés et responsabilités des universités) votée, le transfert de la masse salariale, qui représente 90 %% du budget des établissements, a été brutal et mal fait. L'évolution des salaires, notamment les effets liés à l'ancienneté, a été fortement sous évaluée de 40 et 50 millions d'euros par an, ce qui, cumulé au fil des ans, représente un manque de 200 millions d'euros ».
Les moyens financiers de l’Etat étant de plus en plus réduits, il y a fort à parier que la situation financière des universités va continuer à se dégrader. On peut y remédier en majorant sensiblement les droits d’inscription, quitte à augmenter le niveau des bourses. Cela reviendrait à faire financer l’université par ses utilisateurs, plutôt que par l’ensemble des contribuables.